Trước đây, Mỹ Thới là một xã thuộc thị xã Long Xuyên.

Ngày 12 tháng 1 năm 1984, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 8-HĐBT[4]. Theo đó, thành lập xã Mỹ Thạnh trên cơ sở tách các ấp Thới Thạnh, Thới An, Đông Thạnh và 1/2 ấp Long Hưng của xã Mỹ Thới.

Ngày 2 tháng 8 năm 1999, Chính phủ ban hành Nghị định 64/1999/NĐ-CP[1]. Theo đó, thành lập phường Mỹ Thới trên cơ sở toàn bộ 2.000,31 ha diện tích tự nhiên và 19.875 người của xã Mỹ Thới.